Na de soevereiniteitsoverdracht van Indonesië bleef Nederlands Nieuw-Guinea (het huidige West-Papoea) onder Nederlands gezag. Nederland beschouwde zich verantwoordelijk voor de ontwikkeling van het gebied en investeerde in infrastructuur en onderwijs, maar bleef tegelijkertijd optreden als koloniale macht. Voor 1949 maakte het gebied deel uit van Nederlands-Indië.
Op 5 april 1961 werd de Nieuw Guinea Raad, het eerste Papoea-parlement, officieel geïnstalleerd als onderdeel van de voorbereidingen voor de onafhankelijkheid en dekolonisatie van West-Papoea.
Op 1 december 1961 werden de nationale symbolen van West-Papoea gepresenteerd in Hollandia (nu Jayapura). De ceremonie was de geboorte van de toekomst van een onafhankelijke West-Papoea-natie. De Morgenster vlag, het staatswapen 'One People One Soul', het volkslied 'Hai Tanahku Papua' en de landnaam West-Papoea werden onthuld.
Op 19 december 1961 hield de Indonesische president Sukarno zijn beruchte Trikora-toespraak, waarin hij opriep tot de militaire verovering van West-Papoea, die hij de "bevrijding" noemde. Voor de Papoea’s was dit echter geen bevrijding, maar een illegale militaire inval door een land dat geen recht had op het gebied. Dit gebeurde slechts 18 dagen nadat West-Papoea haar nationale symbolen had gepresenteerd.
Het Akkoord van New York, ondertekend op 15 augustus 1962, was een verraad aan de bevolking van West-Papoea. Het werd afgesloten zonder hun betrokkenheid, waardoor West-Papoea zonder hun toestemming aan Indonesië werd overgedragen. Nederland stemde, onder druk van de VS, in met de overdracht van soevereiniteit in ruil voor de garantie dat er een volksraadpleging zou plaatsvinden, de Act of Free Choice, waarin de bevolking van West-Papoea haar toekomst zou bepalen en zou kunnen kiezen of zij al dan niet bij Indonesië wilden horen.
Tussen 1 oktober 1962 en 1 mei 1963 werd West-Papoea tijdelijk bestuurd door de Verenigde Naties via de United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA).
Op 1 mei 1963 werd West-Papoea geannexeerd door Indonesië, na de tijdelijke overheveling onder de Verenigde Naties in 1962.
Het Rome Joint Statement van mei 1969, bevestigde dat Indonesië de afspraken van het Akkoord van New York wilde volgen, inclusief de uitvoering van de zogenaamde "Act of Free Choice". Echter, in plaats van een eerlijke volksraadpleging met het principe "één man, één stem", gaf Indonesië aan gebruik te maken van het Javaanse musyawarah-systeem.
De toenmalige minister van Buitenlandse Zaken, Luns zei dat de ontmoeting bedoeld was om Indonesië te overtuigen de Act of Free Choice op een eerlijke manier uit te voeren, maar in werkelijkheid lag de focus meer op het beschermen van economische belangen dan op de vrijheid van de Papoea's.
De zogenaamde Act of Free Choice in 1969 werd gepresenteerd als een volksraadpleging waarin de bevolking van West-Papoea haar eigen toekomst zou kunnen bepalen. In werkelijkheid was dit echter geen vrije keuze.
In plaats van dat iedere inwoner van West-Papoea het recht had om zijn of haar stem uit te brengen, werden slechts 1.025 mannen onder dreiging van geweld door Indonesische militairen gedwongen hun zogenaamde "keuze" voor aansluiting bij Indonesië te maken. De overige 798.975 mensen uit West-Papoea werden genegeerd. De uitkomst van de Act of No Choice stond al vast, en de bevolking van West-Papoea had geen werkelijke invloed op haar toekomst.
Op 19 november 1969 werd VN Resolutie 2504 (XXIV) goedgekeurd, waarbij het resultaat van de Act of Free Choice zonder enige kritische discussie werd erkend. In plaats van de mensenrechten van de Papoea’s te beschermen, stemden de VN in met het negeren van het recht van de Papoea’s op zelfbeschikking door Indonesië. De VN, die oorspronkelijk werd opgericht om de rechten van volkeren te waarborgen, maakte hiermee een pijnlijke concessie voor de politieke en economische belangen van machtigere landen, waardoor het Papoea-volk in de steek werd gelaten.
Landen die zich hebben onthouden van stemmen op VN Resolutie 2504 op 19 november 1969:
| Barbados | Botswana | Brazilië | Centraal-Afrikaanse Republiek | Congo (Brazzaville) | Congo (Leopoldville) |
| Colombia | Costa Rica | Dahomey | Ecuador | Equatoriaal-Guinea | Gabon |
| Gambia | Ghana | Guyana | Israël | Ivory Coast | Jamaica |
| Kenia | Kameroen | Lesotho | Malawi | Niger | Oeganda |
| Sierra Leone | Somalië | Swaziland | Togo | Trinidad en Tobago | Verenigde Republiek Tanzania |
| Upper Volta | Venezuela | Zambia |
1 juli is een zeer belangrijke herdenkingsdag voor elke Papoea. Op deze dag in 1971 riep de OPM (Organisasi Papua Merdeka), onder leiding van Seth Rumkorem en Jacob Prai, de onafhankelijke staat West-Papoea uit. Deze Proklamasi Kemerdekaan (Onafhankelijkheidsverklaring) vormt een mijlpaal in onze voortdurende strijd voor ons ultieme doel: de volledige bevrijding van West-Papoea van de koloniale overheersing door Indonesië.
